University of London, School of Oriental and African Studies (2001), Free University of Berlin, Institute for Turcology (2004) ve Woodrow Wilson International Center for Scholars'ta (Washington DC, 2007-2008) misafir araştırmacı olarak çalıştı.
Amerika Ortadoğu Çalışmaları Cemiyeti (Middle East Studies Association of North America, MESA) 1994 Malcom H. Kerr Sosyal Bilimler Doktora Tez Ödülü Birinciliği ve İngiltere Orta Doğu Çalışmaları Cemiyeti (British Society for Middle Eastern Studies, BRISMES) 1995 Leigh Douglas En İyi Doktora Tezi Ödülü'nü kazandı.
Çalışma alanları, Osmanlı ve Modern Türkiye Tarihi (19. ve 20. Yüzyıl), Ortadoğu Tarihi ve Siyaseti (19. ve 20. Yüzyıl) ve Türk Dış Politikası olan Çetinsaya'nın ulusal ve uluslararası birçok makale ve tebliğinin yanı sıra Ottoman Administration of Iraq, 1890-1908 (London: Routledge, 2006, 2010) adlı bir kitabı yayımlanmıştır.
2008-2011 yılları arasında İstanbul Şehir Üniversitesi Rektörlüğü görevini yürütmüştür. Cumhurbaşkanı Sayın Abdullah GÜL tarafından, 11.12.2011 tarihinde Yükseköğretim Kurulu Başkanlığına atanmıştır.