• Genel Sekreterlik
• Özel Kalem Müdürlüğü
• Yükseköğretim Proje Geliştirme ve Destekleme Dairesi Başkanlığı
• Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği
• Bilgi İşlem Dairesi Başkanlığı
• Tanıma ve Denklik Hizmetleri Dairesi Başkanlığı
• Eğitim-Öğretim Dairesi Başkanlığı
• Hukuk Müşavirliği
• İç Denetim Birimi Başkanlığı
• İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı
• İnşaat Bakım Onarım Dairesi Başkanlığı
• Personel Dairesi Başkanlığı
• Proje Koordinasyon Birimi
• Sivil Savunma Uzmanlığı
• Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığı
• Uluslararası İlişkiler Dairesi Başkanlığı
• Vakıf Yükseköğretim Kurumları Koordinasyon Birimi
• Yayın ve Dokümantasyon Dairesi Başkanlığı
• Yükseköğretim Programları Planlama Dairesi Başkanlığı