- Genel Sekreterlik
- Özel Kalem Müdürlüğü
- Yükseköğretim Proje Geliştirme ve Destekleme Dairesi Başkanlığı
- Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği
- Bilgi İşlem Dairesi Başkanlığı
- Tanıma ve Denklik Hizmetleri Dairesi Başkanlığı
- Eğitim-Öğretim Dairesi Başkanlığı
- Hukuk Müşavirliği
- İç Denetim Birimi Başkanlığı
- İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı
- İnşaat Bakım Onarım Dairesi Başkanlığı
- Personel Dairesi Başkanlığı
- Proje Koordinasyon Birimi
- Sivil Savunma Uzmanlığı
- Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığı
- Uluslararası İlişkiler Dairesi Başkanlığı
- Vakıf Yükseköğretim Kurumları Koordinasyon Birimi
- Yayın ve Dokümantasyon Dairesi Başkanlığı
- Yükseköğretim Programları Planlama Dairesi Başkanlığı